Ngày 22 tháng 6 năm 2000, Phó tế Lê Tấn Lợi được truyền chức linh mục bởi Giám mục Emmanuel Lê Phong Thuận, trở thành linh mục thuộc linh mục đoàn Giáo phận Cần Thơ. Tân linh mục được bổ nhiệm chức phó xứ giáo xứ Phụng Hiệp, hạt Đại Hải và giữ chức nhiệm này cho đến năm 2003.[1]

Linh mục Lê Tấn Lợi sau đó được cho đi du học tại đại học Giáo Hoàng Urbaniana, Rôma vào năm 2004, và ông tốt nghiệp Cử nhân, và sau đó là Tiến sĩ Thần học Thánh Kinh.[2]Trở về Việt Nam năm 2011, ông thực hiện mục vụ tại Đại Chủng Viện Thánh Quý, Cần Thơ cho đến ngày được bổ nhiệm chức giám mục. Trong thời gian này, ông là Đặc trách Chủng Sinh Giáo phận Cần Thơ, Trưởng Ban Thánh Kinh, Giáo phận Cần Thơ (2012-2018), Giáo sư thỉnh giảng tại Đại Chủng Viện Đức Mẹ Vô Nhiễm, Giáo phận Bùi Chu (từ 2015), và Giám học Đại Chủng viện Thánh Quý Cần Thơ từ năm 2017. [1]